El aprendizaje del Reiki se divide en Niveles en los que el alumno progresivamente va perfeccionando su capacidad para ser un canal Reiki, a la vez que aprende técnicas que amplían las aplicaciones del Reiki.

Nivel I. Es un nivel de autosanación; en este curso a través de la Sintonización se conecta el alumno con la energía Reiki lo que le permite recibir la energía y transmitirla. Se aprenden las posiciones de las manos para realizar una sesión de Reiki tanto a nosotros mismos como a nuestra familia y amigos íntimos. También se enseñan técnicas y visualizaciones para purificar y equilibrar la energía de los chacras y del aura.

Nivel II. Este nivel es llamado el nivel del terapeuta; en él se incrementa la calidad y la fuerza del Reiki que transmitimos y recibimos. Como herramientas especiales recibimos la sintonización con tres símbolos que potencian nuestra capacidad de sanación a nivel físico, emocional y también a distancia.

Nivel III. Nivel Espiritual o Maestria. Indicado para quienes quieran transmitir y enseñar el sistema de sanación por Reiki. Aquí sintonizamos con el símbolo maestro, que nos ayuda a alcanzar un estado interior estable y lleno de paz. En este nivel la meta es conectarse con la conciencia superior, elevarnos a nosotros mismos a través de la vida cotidiana y sintonizarnos con nuestra esencia interior, que es nuestra guía para el crecimiento espiritual.

Algunas escuelas dan el Nivel III y la Maestria por separado.